Med den længe ventede Pikmin 3s udgivelse på Wii U forestående, mange fans kan have undret sig over, hvorfor en 3DS udgivelse ikke var i orden. Touchscreen-and-stylus-stilen i gameplay virker som et naturligt sted for franchisen at trives. Som svar på denne forestilling forklarede Shigeru Miyamoto for 4Gamer, at holdet tidligere havde forsøgt at skabe Pikmin på 3DS og besluttede imod det:
"Sandheden er, at vi gjorde prototypeprøvninger af Pikmin til DS og 3DS, men det blev til enhedsadministration med kun berøringspenna og ligegyldigt hvad det netop ikke lignede Pikmin.
Miyamoto kom i sidste ende til beslutningen om, at spilets kontrol var afgørende, og de håndholdte touchscreen-konsoller gjorde det ikke retfærdighed.
"Vi konkluderede, at Pikmin er et spil, der drejer sig om handling baseret på dens kontroller, og strategien sidder oven på det. Selvom der er elementer, der er bygget på strategien, er der andre overordnede ting, der skal tages højde for. Denne komplette oplevelse er et vigtigt element i Pikmin. "
Heldigvis blev Miyamotos forventninger i modsætning til den mislykkede prototype opfyldt på Wii U. Ifølge den legendariske spilldesigner ansvarlig for blandt andet, Super Mario Bros. og Legenden om Zelda, Wii U's GamePad passer Pikmin 3 godt.
'[Pikmin 3] kan virke svært ved første øjekast, men når du har prøvet kontrollerne, er det nemt. Selvom du finder det svært at bruge pegeren, er der en kontrolmetode, der bruger GamePad ligner de tidligere GameCube titler, som vi gerne vil have folk til at udnytte. I den henseende håber vi, at folk kan se på dette som et ubekymret, let actionspil. "
Pikmin 3 er nu tilgængelig i Europa, Australien og Japan, og vil blive udgivet i Nordamerika den 4. august.